Клінічні прояви кліщового енцефаліту різноманітні, перебіг варіабельний. Хвороба часто починається гостро, з ознобу та підвищення температури тіла до 38–40°С. Гарячка триває від 2 до 10 днів. З'являються загальне нездужання, різкий біль голови, нудота і блювання, розбитість, стомлюваність, порушення сну.