Біфідумбактерин приймають під час їди, при необхідності незалежно від їди. Препарат перед вживанням змішують з рідкою їжею, бажано кисломолочним продуктом, новонародженим та дітям грудного віку – з материнським молоком або сумішшю для штучного вигодовування.