У лікуванні антибіотикоасоційованої діареї та псевдомембранозного коліту препаратами вибору є ванкоміцин, метронідазол, Ентерол. Пацієнтам із хворобою Віппла призначають тетрациклін у дозі 1–2 г на день, Бісептол – 6 мг/кг маси тіла протягом 5–9 місяців з подальшим зниженням дози.