Флебодіа 600 має сприятливий профіль безпеки. При прийомі препарату повідомлялося про рідкісні небажані реакції: з боку шлунково-кишкового тракту – диспепсичні розлади (печія, нудота, біль у животі) та з боку центральної нервової системи – головний біль.