Як і будь-який розпилюючий механізм, аерограф потрібно регулярно чистити, якщо цього не робити, він засмічуватиметься, а деталі швидше зношуватимуться. Пристрій повинен промиватись як мінімум після кожної зміни фарби, а чищення з розбиранням проводитися після закінчення робіт на поточний день.