Флуконазол застосовують щодня раз на добу. При кандидозі слизових оболонок доза флуконазолу, що рекомендується, становить 3 мг/кг один раз на добу. У перший день з метою швидшого досягнення рівноважної концентрації можна застосовувати ударну дозу 6 мг/кг.