Ізабелла померла протягом години після народження хлопчика. Причиною смерті, ймовірно, стали постійні пости та самобичування або ж часті поїздки на пізніх термінах вагітності. Мігел незабаром був названий спадкоємцем Португальського королівства, Кастильської та Арагонської корон.