Гепатотоксична дія флуконазолу зазвичай оборотна, симптоми зникають після припинення терапії. На тлі прийому препарату у хворих спостерігалися рідкісні випадки розвитку ексфоліативних шкірних реакцій, таких як синдром Стівенса-Джонсона та токсичний епідермальний некроліз.